Sylvie Gillet de Thorey est Vice présidente déléguée aux lycées pour la région Rhône-Alpes. A ce titre, elle a signé en mai 2011 un protocole d’accord entre la Région  et le CRAEC (Comité Rhône-Alpes de l’Enseignement Catholique). L'objectif de cet accord est de prioriser l’investissement des lycées professionnels, notamment en matière de travaux d’accessibilité et de sécurité, ainsi que d’économies d’énergie et de veiller à une transparence de la gestion avec la présence d’élus régionaux dans les instances délibérantes. Elle a aussi en charge le suivi des dossiers concernant les lycéens (cantines, cartes M'Ra...) ainsi que les projets de construction et de réhabilitation des lycées sur l'ensemble du territoire de Rhône-Alpes.