Mardi 15 février 2011, Alain Bonmartin a été élu président de l’Université Claude Bernard Lyon 1 pour un mandat de 11 mois, jusqu’au renouvellement des conseils en 2012. Il prend ainsi la suite de Lionel Collet qui avait été élu en 2006. 

Docteur en médecine nucléaire, Alain Bonmartin est  responsable de l'enseignement de biophysique et  de médecine nucléaire à la faculté de médecine Lyon Sud, il a été  membre du conseil de la faculté, de la commission médicale  d'établissement et du CA des Hospices civils de Lyon.

Alain Bonmartin, qui a pris ses fonctions le 3 mars,  souhaite « une gouvernance participative et transparente ». Dans un communiqué, il fait savoir qu' "apôtre fervent du  travail en équipe et ardent défenseur du service public, il s’engage à être présent, à l’écoute et  disponible pour  conduire avec tous la réussite de ce projet qui permettra à l’Université Claude Bernard Lyon1 d’être au rendez-vous du premier quart du 21ème siècle".